基本的に以下の設定をするとSSL3を無効化できます。
SSLProtocol All -SSLv2 -SSLv3 -TLSv1
しかしバーチャルホストの設定をしている場合、設定するドメインのみ無効化の設定をしても反映されません。ssl.confなどSSLの設定をしているすべてのドメインに設定する必要があります。
検索して設定が必要なファイルを探す
SSLの設定をしているドメインを検索します。
cd /etc/httpd/conf.d/ grep "SSLEngine" *.conf
検索に引っかかったファイルにSSL3の無効化設定を行います。
設定確認
設定の確認にはコマンドを利用した方法とSSLの安全性をチェックできるサイトを利用する方法があります。
・コマンドの場合
openssl s_client -ssl3 -connect [ドメイン]:443
・サイトを利用する場合
Qualys SSL Labs
https://www.ssllabs.com/ssltest/